Sesuo Zofija Šliogerytė-Dackevičienė.

Baigė kunigų seminariją.

Įšventintas kunigu, S. Šliogeris iki 1892 m. tarnavo vikaru Eržvilke (Jurbarko r.), nuo 1892 m. buvo Pakražančio (Kelmės r.) Švč. Mergelės Marijos bažnyčios kuratas, kunigas filialistas.

Paskirtas apie 1898 m., iki 1906 m. vasaros jis buvo Skarulių (Jonavos r.) Šv. Onos parapijos klebonas.

1906–1918 m., iki gyvenimo pabaigos, S. Šliogeris buvo Traupio (Anykščių r.) Šv. Onos parapijos klebonas. Traupyje 1906–1907 m. jis ugdė vikarą Petrą Purauską.

1908 m. jo rūpesčiu buvo įrengti naujos bažnyčios altoriai, pastatyta Traupio parapijos klebonija. Jis tęsė savo pirmtako klebono Jono Mickaniausko Traupyje pradėtą blaivybės misiją, 1908 m. įsteigė Traupyje skaityklą. Jo rūpesčiu priešais šventoriaus vartus ant masyvaus postamento buvo pastatyta skulptūra "Jėzus, apsunkintas kryžiumi" (1911 m.).

Mirė 1918 m. vasario 26 d. Traupyje, per epidemiją užsikrėtęs šiltine. Palaidotas Traupio bažnyčios šventoriuje. Kapą ženklina akmeninis skulptūrinis paminklas su originaliu akmeniniu kryžiumi, primenančiu šakotą medžio kamieną, yra portretinė nuotrauka, iškaltas įrašas "S. P. / Stanislaw / SZLAGIER / Zm. 26 Lutego 1918 / ..." nykstantis.